Fehmi Agani ka lënë gjurmë të pashlyeshme në historinë e pavarësisë së Kosovës, fushën e arsimit dhe mendimit shkencor.

Agani, njëri nga themeluesit dhe udhëheqësit e Lidhjes Demokratike, u vra afër Lipjanit nga serbë me uniforma dhe të armatosur.

Më 6 maj 1999, ai së bashku me familjen e tij, tentoi të linte Kosovën me tren. Në kufirin me Maqedoninë, treni u kthye mbrapsht. Diku afër Fushë Kosovës, policia ndaloi trenin dhe urdhëroi të zbrisnin të gjithë.

Dëshmi të ndryshme të botuara në shtyp thonë se Agani u mor ose në një autobus së bashku me burra të tjerë shqiptarë, ose i vetëm me policët brenda një makine private. Kufoma e tij u gjend të nesërmen buzë një rruge gjithë baltë, pranë Lipjanit.

Për nder të profesor Aganit vite më parë është ngritur përmendorja e tij në oborrin e Fakultetit të Filologjisë në Prishtinë.

Qe nga vitet 60-ta kur ishte paraqitur me argumentim e së drejtës së Republikës së Kosovës e deri me vrasjen e tij, Agani e kishte vënë gjithë krijimtarinë e tij në shërbim të projektimit, argumentimit dhe realizimit të këtij qëllimi.