Në fund të shekullit XIX tokat e banuara me shqiptarë u vunë përsëri në rrezik kur fqinjët ballkanikë filluan aktivisht të ndeshen për të marrë pjesë nga territori i Maqedonisë, kontest që do të shpinte drejt Luftërave Ballkanike. Territori i kontestueshëm përfshinte edhe katër vilajetet shqiptare.
Lidhja e re shqiptare u krijua pas një pune të madhe përgatitore, organizative e politike, që atdhetarët shqiptarë brenda vendit, të udhëhequr nga Haxhi Zeka dhe shoqëritë patriotike jashtë atdheut, sidomos ato të Bukureshtit dhe Komiteti Shqiptar i Stambollit, bënë në fundin e vitit 1898 dhe në janar të vitit 1899. Gjatë kësaj kohe u mbajtën mbledhje të gjëra të përfaqësuesve të popullsisë së qyteteve e të rrethinave, si në Pejë, Mitrovicë, Prishtinë, Vushtrri, Drenicë e në qendra të tjera të vilajetit të Kosovës, ku shqiptarët dhanë besën dhe shprehën gatishmërinë për të formuar lidhjen.
Këto mbledhje të njëpasnjëshme të popullsisë shqiptare, si edhe letërkëmbimi i dendur i Haxhi Zekës me qendrat e ndryshme të vilajetit të Kosovës, të Shkodrës, Manastirit e të Janinës, tregojnë se organizatorët e Lidhjes kishin ndërmend të thërrisnin një kuvend të përgjithshëm shqiptar, ku të merrnin pjesë delegatë nga të gjitha krahinat e Shqipërisë dhe të të gjitha besimeve, myslimanë, katolikë e ortodoksë.
Më 23 janar 1899 nën kërcënime të reja për tokat shqiptare në Pejë u mblodh një kuvend me 500 pjesëmarrës nga vilajetet e Kosovës dhe më pak nga ata të Manastirit dhe të Janinës. Në kuvendin gjashtë ditor zuri fill Lidhja e Pejës ose siç u quajt ndryshe Besa-Besë. Kuvendi u organizua, u drejtua, dhe zgjodhi kryetar Haxhi Zekën. Kuvendi doli me një program 11 pikësh i cili kundërshtonte përpjekjet për të copëtuar tokat shqiptare por që nuk kërkonte autonomi. U shpall edhe Besa për një vjet.
Aty morën pjesë rreth 500 përfaqësues nga shumë vise shqiptare. Territori i Kontestueshëm përfshinte edhe katër vilajetet shqiptare.
Pas suksesit të pjesshëm në përhapjen e programit në Kosovë dhe në Shqipërinë Veriore e të Mesme në përgatitje të një kuvendi mbarëkombëtar që do ta aprovonte programin e Lidhjes, sulltani reagoi duke përdorur edhe reaksionit shqiptarë.
Në maj 1899 përpjekjet për mbajtjen e këtij kuvendi në Prizren u penguan. Kjo solli deri te një kryengritje e armatosur deri në maj të vitit 1900 kur u dërguan forca shtesë otomane që përfunduan Lidhjen e Pejës.